通知されるメールの「Reply-To」の表記が不明な形式になるので
310行目と609行目の

$headers .= "Reply-To

の１行をコメントアウト。
（4.15時点でまだ未解決）

4.15にバージョンアップして追加された機能に、各ユーザー毎の購読設定画面に、MUの場合、他のブログの購読登録も簡単に出来るようリストが表示されるようになったんですが、どうも権限のないブログも表示されるようなので、そのリストを削除。

subscribe2.php 本体の2124行目〜2191行目をコメントアウト。

		// list of subscribed blogs on wordpress mu
		if  ($s2_mu) {
			global $blog_id;

から

				echo "</ul>\r\n";
			}
		}

まで

（4.14で解決済みなのでカスタマイズの必要無し）
Subscribe2 をインストールすると記事登録画面に「Subscribe2 Notification Override」という、記事単体でメール通知をするかどうかを設定できる機能が追加される。
この機能がカスタムフィールドに「s2mail」というメタ情報を勝手に登録するので、を使ってメタ情報一覧を表示する場合、「s2mail」が表示されてしまう。
これが不要なので、削除する方法。

subscribe2.php 本体の159行目〜165行目をコメントアウト。

//		if (function_exists('add_meta_box')) {
//			add_meta_box('subscribe2', __( 'Subscribe2 Notification Override', 'subscribe2' ), array(&$this, 's2_meta_box'), 'post', 'advanced');
//			add_meta_box('subscribe2', __( 'Subscribe2 Notification Override', 'subscribe2' ), array(&$this, 's2_meta_box'), 'page', 'advanced');
//		} else {
//			add_action('dbx_post_advanced', array(&$this, 's2_meta_box_old'));
//			add_action('dbx_page_advanced', array(&$this, 's2_meta_box_old'));
//		}

記事単体でメール通知をoffにする機能は使えなくなるが、メタ情報はこれで解決。