WordPress MU で実際使ってみて、これは便利だと思うプラグインの15選です。
主に、特定の企業様とのコミュニケーション専用に使ってるので、他の用途では参考にならない部分もあるかもしれませんが、参考までにピックアップしておきます。

1. WP Multibyte Patch

これはマストという事で。。
eastcoder.com/code/wp-multibyte-patch

2. WP-PageNavi

下部のページナビゲーション
オリジナル
wordpress.org/extend/plugins/wp-pagenavi/
日本語化ファイル
wp.mmrt-jp.net/plugin-japanization-project/wp-pagenavi/
wppluginsj.sourceforge.jp/i18n-ja_jp/wp-pagenavi/
※pagenavi-css.cssを入れ替え

3. Custom Field Template plugin

カスタムフィールドの入力支援
オリジナル（日本語化ファイル込み）
wordpressgogo.com/development/custom-field-template.html
ダウンロード
wordpress.org/extend/plugins/custom-field-template/
＃オリジナル
＃http://rhymedcode.net/projects/custom-field-gui/
＃日本語版
＃http://www.tinybeans.net/blog/download/wp-plugin/cfg-utility-100.html

4. Simple Tags

タグ入力支援
オリジナル（日本語化ファイル込み）
wordpress.org/extend/plugins/simple-tags/
＃日本語化ファイル
＃http://www.naviwave.com/blog_w/wp_plugin/simple-tags/

5. Subscribe2

投稿通知
オリジナル
wordpress.org/extend/plugins/subscribe2/
日本語化ファイル
tenderfeel.xsrv.jp/wordpress/99/

6. Quick Comments

「投稿に対する返信」した人に対して他の返信があった事を通知
＋コメントをAjaxでサクっと返信
オリジナル（日本語化ファイル込み）
wppluginsj.sourceforge.jp/quick-comments/

過去は「Subscribe To Comments」を使っていたが、こちらに乗換
オリジナル
wordpress.org/extend/plugins/subscribe-to-comments/
日本語版（バージョンが追いついてない場合は日本語ファイルのみ取り出し、以下Tips参照）
wppluginsj.sourceforge.jp/i18n-ja_jp/subscribe-to-comments/
日本語化Tips
d.hatena.ne.jp/minorio/20080701/1214921937


7. WP-DBManager

DBバックアップ管理
オリジナル
wordpress.org/extend/plugins/wp-dbmanager/
日本語化ファイル
wp.mmrt-jp.net/plugin-japanization-project/dbmanager/

8. autohyperlink-urls

記事中のURLに自動でリンクを付ける
coffee2code.com/wp-plugins/auto-hyperlink-urls/

9. AutoExternalLink

リンクに自動で別ウインドウで開くアイコンを付ける
wp.graphact.com/2007/07/15/98

10. Angsuman’s Authenticated WordPress Plugin

ブログにログイン認証をかける
Angsuman’s Authenticated WordPress Plugin プラグインページ
2.5以降はカスタマイズが必要なので、WEBあくまこさんのWordPressサイト全体にログイン認証をかけるを参照。

11. Allow Categories

ブログのカテゴリー毎にログイン認証をかける
wordpress.org/extend/plugins/allow-categories/

12. Maintenance Mode

メンテナンスモードを表示
オリジナル
wordpress.org/extend/plugins/maintenance-mode/
日本語化ファイル
wppluginsj.sourceforge.jp/i18n-ja_jp/maintenance-mode/

13. Revision Control

投稿リビジョンの仕様を設定できる
wordpress.org/extend/plugins/revision-control/
※単純にリビジョン機能と自動保存機能をOFFにするなら
Disable Revisions and Autosave
exper.3drecursions.com/2008/07/25/disable-revisions-and-autosave-plugin/

14. Post Templates

投稿テンプレート
www.vincentprat.info/dev/wordpress-plugins/post-templates/

15. Unfiltered MU

MUではデフォルトだと「iframe」「embed」タグが記事中で使えないので、それを有効化
wordpress.org/extend/plugins/unfiltered-mu/